Школа построена в 1958 г.
В 2003 г. на базе школы № 389 и Детского экологического центра было создано Государственное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа № 389 «Центр экологического образования».
С 2004 года школа работает по программе «Школа России». Введен естественнонаучный профиль.
В 2008 г. школа прошла аккредитацию и получила статус лицея.
С 2020 г. в лицее ведется подготовка по двум профилям естественнонаучному и технологическому.
Также, приглашаем вас на виртуальную экскурсию по лицею и Центру Экологического Образования!